Подключитесь к контроллеру без загрузки проекта, в CODESYS V2.3 откройте ПЛК-Браузер, расположенный на вкладке Ресурсы. Выполните команду formatFFS. Через одну минуту память контроллера будет отформатирована. Это поможет решить проблему с загрузкой проектов.